Respecte a les obligacions fiscals té l'autònom col·laborador dependran de la relació laboral que es puga establir i la retribució que perceba pel seu treball. Podem considerar dos possibilitats:

• Si el familiar només fa labors de substitució de l'empresari (que figura d'alta en Hisenda) sense una jornada, categoria, o retribució definida, la cotització és obligatòria però no així la seua alta en Hisenda, per la qual cosa no tindrà l'obligació de realitzar la declaració de l'IVA i el pagament fraccionat del IRPF. Per la seua banda, el propietari del negoci no els declararà com a gastos deduïbles.

Les declaracions fiscals seran presentades pel propietari del negoci. Els ingressos que el negoci genera els declararà íntegrament el titular del mateix, independentment que el seu cònjuge o el seu fill l'atenga unes determinades hores al dia. En este cas no se li reconeix al familiar una retribució definida. Tampoc hi ha l'obligació de formalitzar un contracte.

• Un altre cas seria el d'una empresa en la el familiar contractat com a autònom col·laborador, ocupa un lloc determinat dins de l'organització del treball del negoci amb un horari definit.

Per exemple en una acadèmia d'ensenyança en què el professor de matemàtiques és el fill de l'amo i conviu amb ell. Açò ens planteja una situació distinta ja que ací l'autònom col·laborador té un càrrec concret, una jornada establida i una autonomia en l'exercici de la seua funció.

Encara que en este cas l'Agència Tributària no es pronuncia de forma clara, el lògic seria que com estem en el cas d'una relació laboral com qualsevol altra, independentment de la seua cotització en el Règim d'autònoms, el familiar ha de tindre la seua nòmina i la seua relació ha d'estar regulada per un contracte entre les parts on s'establira la retribució. Esta retribució seria com la de qualsevol altre treballador, declarant els seus ingressos en el seu IRPF com a rendiments del treball. L'autònom titular, com a ocupador deu:

• Pagar el seu salari i entregar-li la nòmina corresponent, en funció de la seua categoria professional i el conveni o acord aplicable
• Pagar les cotitzacions a la Seguretat Social de l'autònom col·laborador per mitjà de la presentació dels impresos corresponents (TC1 i TC2).
• Aplicar les retencions corresponents i declarar-les en el model 111

D'altra banda, com titular de l'activitat. Les retribucions, es consideraran com a gastos deduïbles del seu negoci als efectes del càlcul del rendiment en les seues pròpies declaracions d'impostos